ਪਰ ਮਿਟਸੁਨੋਬੂ ਠਹਿਰਾਅ ਦੇ ਕੁਝ ਮੁੱਖ ਨੁਕਸਾਨ ਵੀ ਹਨ। ਇਸ ਵਿੱਚ ਵਰਤੇ ਜਾਣ ਵਾਲੇ ਕੁਝ ਰਸਾਇਣ ਖਤਰਨਾਕ ਤੇ ਥਰਮਲ ਤੌਰ 'ਤੇ ਅਸਥਿਰ ਹੋ ਸਕਦੇ ਹਨ, ਜਿਸ ਕਰਕੇ ਵਪਾਰਕ ਪੱਧਰ ਤੇ ਇਸਦਾ ਵਰਤੋਂ ਮੁਸ਼ਕਿਲ ਬਣ ਜਾਂਦਾ ਹੈ। ਇਸਦੇ ਨਾਲ ਨਾਲ ਇਸ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਵਿੱਚ ਉਤਪੰਨ ਹੋਣ ਵਾਲੇ ਬਾਇ-ਪ੍ਰੋਡਕਟਾਂ ਨੂੰ ਹਟਾਉਣਾ ਵੀ ਔਖਾ ਹੁੰਦਾ ਹੈ, ਜਿਸ ਕਾਰਨ ਪਿਊਰੀਫਿਕੇਸ਼ਨ ਮੁਸ਼ਕਿਲ ਹੋ ਜਾਂਦੀ ਹੈ। ਇਸਤੋਂ ਇਲਾਵਾ, ਇਹ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਸਿਰਫ਼ ਕੁਝ ਹੀ ਪ੍ਰੋਕਾਰ ਦੇ ਪ੍ਰੋਨਿਊਕਲੀਓਫਾਈਲਾਂ ਨਾਲ ਹੀ ਸੀਮਤ ਰਹਿੰਦੀ ਹੈ।
ਆਧੁਨਿਕ ਅਧਿਐਨਾਂ ਵਿੱਚ ਮਿਟਸੁਨੋਬੂ ਠਹਿਰਾਅ ਨੂੰ ਬਿਹਤਰ ਬਣਾਉਣ ਲਈ ਵਿਭਿੰਨ ਤਰੀਕੇ ਵਰਤ ਰਹੇ ਹਨ, ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਨਵੇਂ ਰਸਾਇਣ ਬਣਾਉਣਾ ਜੋ ਵੱਧ ਪੀਕਾ ਰੇਂਜ ਵਾਲੇ ਪ੍ਰੋਨਿਊਕਲੀਓਫਾਈਲਾਂ ਤੇ ਕੰਮ ਕਰ ਸਕਣ, ਸਧਾਰਨ ਅਤੇ ਸੁਰੱਖਿਅਤ ਪਿਊਰੀਫਿਕੇਸ਼ਨ ਲਈ ਨਵੇਂ ਤਰੀਕੇ, ਅਤੇ ਕੈਟਾਲਿਟਿਕ ਵਰਜਨ ਤਿਆਰ ਕਰਨਾ। ਤਾਜ਼ਾ ਖੋਜ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਨਵੀਕੀ ਤਕਨੀਕ ਬਾਰੇ ਦੱਸਿਆ ਗਿਆ ਹੈ ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਇਮੀਨੋਫੌਸਫੋਰਾਨ ਰੀਏਜੈਂਟ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕੀਤੀ ਗਈ ਹੈ। ਇਹ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਨਾ ਸਿਰਫ਼ ਖਤਰੇ ਘਟਾਉਂਦੀ ਹੈ, ਸਗੋਂ ਜਿਆਦਾ ਤਰ੍ਹਾਂ ਦੇ ਕਾਰਬਨ ਨਿਊਕਲੀਓਫਾਈਲਾਂ ਨਾਲ ਵੀ ਡੂੰਘੀ ਬਾਂਧ ਬਣਾਉਂਦੀ ਹੈ ਅਤੇ ਸਾਦਾ ਸਾਫ਼-ਸਫਾਈ ਦਾ ਰਸਤਾ ਖੋਲ੍ਹਦੀ ਹੈ।
ਇਮੀਨੋਫੌ스ਫੋਰਾਨ ਪ੍ਰਣਾਲੀ ਦੁਆਰਾ ਮਿਟਸੁਨੋਬੂ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਵਿੱਚ ਵੱਡੀ ਭੂਮਿਕਾ ਨਿਭਾ ਰਹੀ ਹੈ। ਇਸਦਾ ਡਿਜ਼ਾਇਨ ਇਸ ਤਰ੍ਹਾਂ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ ਕਿ ਇਹ ਜਿਆਦਾ ਤਾਕਤਵਰ ਬੇਸਿਕਿਟੀ ਦੇ ਨਾਲ ਅਲਕੋਹਲ ਨੂੰ ਸਰਗਰਮ ਕਰਦਾ ਹੈ ਤੇ ਉਤਪੰਨ ਬਾਇ-ਪ੍ਰੋਡਕਟ ਆਸਾਨੀ ਨਾਲ ਹਟਾਇਆ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ। ਇਸ ਤਰੀਕੇ ਨਾਲ ਕਈ ਕਿਸਮ ਦੇ ਆਰਗੇਨਿਕ ਐਸਿਡਾਂ, ਫੀਨੋਲਜ਼, ਨਾਈਟ੍ਰੋਜਨ-ਅਧਾਰਤ ਯੋਜਨਾ ਅਤੇ ਕਾਰਬਨ ਨਿਊਕਲੀਓਫਾਈਲਾਂ ਤੇ ਜੁਟਾਈ ਜਾਂਦੀ ਹੈ। ਇਨ੍ਹਾਂ ਵਿੱਚ ਫਾਰਮੈਸੀਉਟੀਕਲ ਸੁਧਾਰ ਅਤੇ ਕੁਦਰਤੀ ਉਤਪਾਦਾਂ ਦੀ ਰਚਨਾ ਵਿੱਚ ਸਹੂਲਤ ਪੈਦਾ ਹੁੰਦੀ ਹੈ। ਇਸ ਤਕਨੀਕ ਨਾਲ ਨਿਰੀਕਸ਼ਨ ਅਤੇ ਅਮਲੀ ਹਲ ਵੀ ਕਾਫੀ ਅਸਾਨ ਹੋ ਗਏ ਹਨ।